Mikrobien lisäksi myös eläinten loiset eli parasiitit ja alkueläimet voivat aiheuttaa ruokamyrkytyksen. Tärkeimpiä Suomessa huomioon otettavia riskejä ovat:

Loiseläimiä

Lapamato (leveä heisimato/ lapamato) Diphyllobotrium latum, joka voi ihmisen suolistossa kasvaa 15-metriseksi ja aiheuttaa B12-vitamiinin puutosta. Loisen tartuntakykyisiä muotoja voi olla järvikalan lihaksistossa ja mädissä (ahven, hauki, made tai kiiski). Kalan ja mädin kunnollinen kypsentäminen tai pakastaminen pariksi vuorokaudeksi tappaa toukan.

Anisakiasis on varsinaisesti merinisäkkäiden loinen, mutta sitä ovat levittäneet myös raakana tai puutteellisesti kuumennettuna syöty merikala: silli, lohi, makrilli, turska ja kalmari

Trikiini-loisia esiintyy sialla, villisialla, hevosilla ja karhuilla. Kaikkien näiden eläinten jokainen myyntiin tuleva ruho tarkastetaan teurastuksen yhteydessä loisen varalta. Huolellinen kuumennus tuhoaa loisen.

Alkuläimiä

Toksoplasman pääisäntä on kissaeläin, joka erittää ookystia ulosteessaan. Ihminen ja muut nisäkkäät voivat olla väli-isäntiä. Toksoplasma gondii –infektion voi saada kissan ulosteen välityksellä tai syömällä saastunutta, puutteellisesti kuumennettua lihaa tai kasviksia. Raskausaikana saatu tartunta voi vaurioittaa sikiötä.